Quân Quốc gia đánh chiếm tỉnh Catalonia như chẻ tre trong hai tháng đầu năm 1939. Tarragona thất thủ vào ngày 14 tháng 1, tiếp đó là Barcelona vào ngày 26 tháng 1, rồi Girona ngày 5 tháng 2. Năm ngày sau khi Girona thất thủ, những ổ kháng cự cuối cùng ở Catalonia bị đập tan.

Ngày 27 tháng 2, chính phủ Liên hiệp Anh và Pháp công nhận chính quyền Franco.

Chỉ còn lại Madrid và một vài căn cứ của phe cộng hòa là còn nằm trong tay quân chính phủ. Ngày 28 tháng 3, được sự hỗ trợ của lực lượng nội ứng cho Franco trong thành phố, ("đạo quân thứ năm" như tướng Mola đề cập đến trong buổi phát thanh tuyên truyền năm 1936), Madrid rơi vào tay quân Quốc gia. Ngày tiếp theo, Valencia, sau khi cầm cự suốt gần 2 năm dưới họng súng phe Quốc gia, cũng phải đầu hàng. Phe Quốc gia tuyên bố chiến thắng vào ngày 1 tháng 4, khi các toán quân cuối cùng của phe Cộng hòa hạ vũ khí đầu hàng.

Sau cuộc nội chiến, Franco tiến hành trả đũa những người chống đối cũ hết sức nghiệt ngã, hàng ngàn người Cộng hòa bị cầm tù, khoảng 10.000 đến 28.000 người bị hành quyết, theo các số liệu ước lượng khiêm tốn nhất. Người ta cho rằng thậm chí số người bị giết lên đến từ 50.000 đến 200.000 người, thời điểm này được ghi lại như la Feroz Matanza (cuộc Tàn sát Khủng khiếp). Rất nhiều người khác bị đưa đi lao động khổ sai, xây đường sắt, tát cạn đầm lầy, đào kênh (La Corchuela, kênh đào Bajo Guadalquivir), xây dựng đài tưởng niệm Valle de los Caídos,... Hàng trăm ngàn người Cộng hòa phải rời bỏ tổ quốc, đặc biệt là chạy sang Pháp và Me xi cô.

Phía bên kia dãy núi Pyrenees, những người tị nạn bị cầm cố trong các khu trại tập trung ở Pháp, như các trại Gurs hoặc Vernet, nơi 12.000 người Cộng hòa phải sống trong các dãy nhà dơ dáy, nghèo khổ (đa số là binh sĩ thuộc Sư đoàn Durruti [26]). Chừng 17.000 người tị nạn sống trong các khu nhà ở trại Gurs bị phân làm bốn loại (Brigadist - binh sĩ thuộc các Lữ đoàn Quốc tế, phi công, Gudari - binh sĩ từ xứ Basque và thường dân 'Tây Ban Nha'). Những người Gudaris (xứ Basques) và các phi công dễ dàng tìm được những người bảo trợ địa phương cũng như việc làm, được phép rời trại, nhưng nông dân và thường dân, những người không có thân nhân ở Pháp, bị buộc phải trở lại Tây Ban Nha, theo thỏa thuận giữa chính quyền Đệ tam Cộng hòa Pháp và chính phủ Franco. Phần lớn người tị nạn chấp nhận quay trở lại Tây Ban Nha, và bị giao cho nhà chức trách Tây Ban Nha tại Irún. Từ đó họ được chuyển đến trại Miranda de Ebro để "thanh lọc" theo Luật Trách nhiệm Chính trị.

Với tuyên bố của Thống chế Pétain của chính phủ Vichy, những người tị nạn trở thành tù nhân chính trị, và cảnh sát Pháp tìm cách bố ráp những người đã được trả tự do khỏi trại. Cùng với những thành phần "gây rắc rối", họ bị thuyên chuyển đến trại giam Drancy trước khi bị trục xuất sang nước Đức Quốc xã. Chừng 5.000 người Tây Ban Nha đã chết trong trại tập trung Mauthausen [27]. Nhà thơ người Chile Pablo Neruda, người được Tổng thống Chile Pedro Aguirre Cerda phong làm lãnh sự di dân đặc biệt ở Paris, được giao nhiệm vụ mà sau này ông gọi là "nhiệm vụ cao cả nhất mà tôi đã từng gánh vác": dùng tàu thủy chuyển hơn 2.000 người tị nạn Tây Ban Nha, những ngườ đang phải sống trong các khu trại tồi tàn ở Pháp, đến Chile trên chiếc tàu chở hàng cũ mang tên Winnipeg.

Dù chiến tranh đã chính thức chấm dứt, chiến tranh du kích vẫn tiếp tục diễn ra đây đó, cho tới tận những năm 1950, cho tới khi chính quyền dần dần đàn áp và tiêu diệt hết những nhóm kháng chiến. Năm 1944, một nhóm cựu binh Cộng hòa, những người đã chiến đấu trong hàng ngũ kháng chiến Pháp chống lại quân Quốc xã, đánh chiếm Val d'Aran ở tây bắc tỉnh Catalonia, nhưng họ bị nhanh chóng đánh bại.